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すべては、虹彩に含まれるメラニン色素の量で決まります。肌の白さと同様に、瞳の色もこの色素の割合によってグラデーションを描くのです。メラニンが多ければ黒く見え、少なければ茶色やハシバミ色（ヘーゼル）、さらには青みがかったグレーに見えることもあります。

日本人の祖先がどの地域から移動してきたか、あるいは遺伝子の突然変異など、要因は多岐にわたります。東北地方や日本海側など、日照時間が短い地域にルーツを持つ家系において、比較的色素の薄い瞳が受け継がれやすいという研究データも存在します。